Η Μονή του Ιωάννη του Θεολόγου είναι σημείο αναφοράς όχι μόνο για την Πάτμο αλλά για την ορθόδοξη πίστη γενικά. Υπάγεται στο Οικουμενικό Πατριαρχείο και είναι Πατριαρχική Εξαρχία. Ο εκάστοτε Καθηγούμενός του, είναι Πατριαρχικός Εξαρχος με ειδικά προνόμια. Είναι χτισμένο σε τέτοια θέση και με τέτοιο τρόπο, που μοιάζει να έχει κάτω από την προστασία του όλο το νησί. Και πράγματι, τα πρώτα δύσκολα χρόνια, που η Πάτμος ήταν ένα νησί με πολύ λίγους κατοίκους, απροστάτευτο από τις λεηλασίες των πειρατών, έτρεχαν εκεί να βρούν προστασία οι κάτοικοι, που τα τεράστια τείχη της Μονής τους προσέφεραν.
Είναι τόσα αυτά που θα μπορούσε κανείς να αναφέρει για την δράση του, την πνευματική και την κοινωνική, καθώς επίσης και τους πνευματικούς θησαυρούς που υπάρχουν μέσα, που δεν θα έφθαναν σελίδες και σελίδες για να τα χωρέσουν. Εδώ θα γίνει αναφορά στα σημαντικότερα σημεία που περιγράφουν την πνευματική και θρησκευτική οντότητα της Μονής. Η οικοδόμηση άρχισε το 1088 από τον Οσιο Χριστόδουλο. Εχει εξωτερικά μορφή φρουρίου και έχει δοθεί μεγάλη έμφαση στην ασφάλειά του. Αυτός είναι ο λόγος που το τεράστιο κτίσμα με τα 15 μέτρων ύψους τείχη έχει μόνο δύο πόρτες. Τα παράθυρα είναι μικρά και με σιδερένιους φράχτες. Πάνω από τις δύο και μοναδικές πόρτες υπάρχει ο λεγόμενος φονιάς ,ένα είδος εξώστη που επέτρεπε στους αμυνόμενους να ρίχνουν από ψηλά ζεματιστό λάδι, για να απαγορεύουν την προσέγγιση στην Μονή.
Στο εσωτερικό η αρχιτεκτονική, που ακολουθείται είναι κάπως ελεύθερη, αν και τα κελλιά τών μοναχών είναι χτισμένα γύρω από το καθολικό συμφωνα με την Βυζαντινή αρχιτεκτονική. Κατά τα άλλα το κτίσμα είναι οικοδομημένο σε διάφορα επίπεδα και έχει πολλά στοιχεία από την παραδοσιακή νησιώτικη αρχιτεκτονική. Αυτή η μορφή που παρουσιάζει σήμερα είναι αποτέλεσμα των αναγκών που παρουσιάστηκαν με τα χρόνια για προσθήκες και διαμόρφωσεις χώρων, καθώς επίσης και από την ιδιαιτερότητα του βραχώδους εδάφους. Η πρώτη εικόνα που αντικρύζει ο επισκέπτης είναι αυτή της στρωμένης με χαλίκια αυλής. Στην μέση της αυλής υπάρχει ένα πέτρινο χτίσμα που μέσα έχει μια τεράστια στάμνα που περιέχει αγιασμό. Γύρω από την αυλή υπάρχουν τέσσερα από τα δέκα συνολικά παρεκκλήσια της Μονής. Στο Καθολικό της Μονής, στην βόρεια πλευρά υπάρχει το τέμπλο που είναι έργο του 1820 και φτιάχτηκε από 12 γλύπτες. Είναι ένα μοναδικό έργο τέχνης που αφήνει αφωνους όσους το αντικρύζουν. ΒΜέσα στο καθολικό υπάρχουν εικόνες και τοιχογραφίες μοναδικής ομορφίάς και αξίας.
Ενα αντίγραφο μιας εικόνας της Αποκάλυψης του 1626 καλύπτει την είσοδο του σκευοφυλακίου. Εδώ φυλάσσεται ένα μεγάλο μέρος από τα κειμήλια της Μονής. Η δημιουργία του σκευοφυλακίου ξεκινάει από τον Οσιο Χριστόδουλο, που άφησε σε αυτό τις μεγάλης αξίας εικόνες του. Το σκευοφυλάκιο είναι ο χώρος που πρέπει να επισκεφθεί ο κάθε επισκέπτης της Πάτμου. Στα ειδικά εκθετήρια που έχουν κατασκευαστεί μπορεί κανείς να δεί τα λείψανα Αγίων, όπως του Αγίου Στεφάνου, του Αγίου Ιακώβου του Πέρσου, του Αγίου Παντελεήμονος και άλλων. Εικόνες ανεκτίμητης αξίας, από τις οποίες ξεχωρίζει η ψηφιδωτή εικόνα του Αγ.Νικολάου του 11ου αιώνα. Χρυσοκέντητα υφαντά και άμφια, δωρεές πλουσίων Πατμίων. Ασημένια και χρυσά σκεύη, μοναδικά αριστουργήματα, με γνωστότερο από αυτά την μίτρα του Πατριάρχη Νεόφυτου του ΣΤ ' που είναι διακοσμημένη με πολύτιμα πετράδια και χρυσό.
Ενα άλλο μεγάλο κεφάλαιο της Μονής είναι η Βιβλιοθήκη της. Η Βιβλιοθήκη είναι η γραπτή ιστορία τόσο της Μονής όσο και του νησιού ολόκληρου.Μέσα στα έγγραφα της Βιβλιοθήκης υπάρχει και το ιδρυτικό χρυσόβουλλο, όπου ο Αλέξιος ο Α' ο Κομνηνός παραχωρούσε το 1088 στον Οσιο Χριστόδουλο την Πάτμο. Είναι μια πλούσια πηγή πληροφοριών για τον μοναστικό βίο και τις συνθήκες που έθεταν οι εκάστοτε κατακτητές.(π.χ φόρους,μορφές εμπορίου και διοίκησης).
Τμήμα του Ιερού Λειψάνου του μυροβλύτη Αγίου Δονάτου, θα λιτανευτεί στην Παραμυθιά την Παρασκευή 28 Σεπτεμβρίου στις 8 το βράδυ σε ανάμνηση της ημέρας του 2000 που μεταφέρθηκε από την Ιταλία στην πόλης μας. Το τμήμα του Ιερού Λειψάνου του Αγίου Δονάτου, μεταφέρθηκε στον Ιερό Μητροπολιτικό ομώνυμο Ναό της Παραμυθιάς την 29η Σεπτεμβρίου 2000 μετά από ενέργειες του Σεβασμιότατου Μητροπολίτου Παραμυθίας κ.κ. Τίτου και του Παναγιότατου Οικουμενικού Πατριάρχου κ.κ. Βαρθολομαίου από την Εκκλησία της Παναγίας του Murano της Βενετίας ενώ το υπόλοιπο Ιερό Σκήνωμα σήμερα βρίσκεται αποθησαυρισμένο στον Ιερό Ναό Μαρίας και Δονάτου επίσης στο Murano της Βενετίας.
